منذ إنشاء معهد أمدرمان العلمي في حوالي سنة 1901م كان شيخ المعهد العلمي هو شيخ علماء السودان لا بصفة رسمية لكن بإرادة العلماء ، فقد كانت الصفة الرسمية لدى قاضي القضاة والمفتي استمرت هذه المسيرة المباركة وظهر نشاط العلماء في عدة أشكال وأطر وظهر هذا الاسم : “هيئة علماء السودان” في عدة مراحل تاريخية.
تقلبت هيئة علماء السودان في العديد من المسميات منذ مشيخة العلماء الأولى في بدايات القرن العشرين على يد علماء أفذاذ أمثال الشيخ / محمد البدوي الشيخ، والشيخ / أبوالقاسم أحمد هاشم .. ثم بعد ذلك تعاقب عليها شيوخ أجلاء وقد كان لإنشاء المعهد العلمي بمدينة أم درمان الدور الحاسم في دفعها كثيراً للأمام إذ صار خريجوه رافداً رئيساً لانتشار العلماء في البلاد وذلك بما نالوه من حظ مقدر من .العلم وقد انصب جل عمل هذه المشيخة في ميدان العلوم الشرعية نشراً وتدريساً وإفتا ًء ولم يخل عملها من دور سياسي تمثل في مجاهدات العديد من أعضائها عبر تاريخها الطويل وما مسيرات طلاب المعهد ودور خريجيه ببعيد عن الذاكرة  الوطنية
واصل العلماء جهودهم لتعظيم شأن الدين في حياة المسلم والمجتمع والعمل على تأصيل المستجدات التي أحدثها الحراك الحضاري وتحديات العولمة، وحرصاً من العلماء على توحيد جهودهم لمناصرة قضايا الإسلام والتحديات الحضارية، ومنها قضية تطبيق الشريعة الإسلامية، فقد تداعى نفر كريم إلى إعادة تكوين مشيخة العلماء في ثوب جديد وفق رؤية جديدة وأهداف تستوعب هذا الواقع المتعدد المتشابك الملي بالتحديات في كل المجالات وذلك في فترة الثمانينات .من القرن الماضي
وقد تضافرت هذه الجهود فنتج عنها ميلاد هيئة علماء السودان بشكلها الحالي وذلك في اجتماع حاشد في يوم 23/شعبان/1420هـ الموافق 1/ديسمبر/1999م بتشريف ومخاطبة الأخ رئيس الجمهورية المشير / عمر حسن أحمد البشير وعدد مقدر من علماء الأمة الإسلامية وعلى رأسهم الشيخ الدكتور / يوسف القرضاوي اللذان خاطبا الحضور والذي ضم عددا مقدرا من الإخوة العلماء فاق الثلاثمائة وخمسين عضواً من جميع ولايات السودان وفي جميع التخصصات العلمية، وقد تمخض عن هذا الاجتماع التأسيسي بيان ختامي حوى أهداف الهيئة ووسائل تحقيقها ورؤيتها للواقع الماثل وكيفية المشاركة الفاعلة تغييراً للسلبيات ودفعاً للإيجابيات، وتم انتخاب أول رئيس للهيئة وهو الشيخ البروفيسور / أحمد محمد إسماعيل البيلي ونائبه المغفور له بإذنه تعالى الشيخ / محمد محمد