اعتمدت الهيئة وسائل عديدة لتحقيق اهدافها ويمكن إجمالها فيما يلي وذلك وفقًا لماجاء في نظامها الاساس
(المادة):
١. عقد الدروس و الندوات و المحاضرات و المؤتمرات والدورات التدريبية وحلقات النقاش.
٢. التاليف والترجمة و النشر و إصدار النشرات والبيانات والرسائل و الكتب والصحف والدوريات.
٣. قيام هيئات للعلماء في الولايات والمحليات والقطاعات المختلفة و في تجمع يجمعهم و عقدالمؤتمرات الدورية والندوات العلمية توحيدًا للراي وجمعًا للصف.
٤. حسن توظيف جهود العلماء لتمكين الدين في الحياة.
٥. الاتصال بالمسؤولين وتقديم النصح لهم ولاسيما عندطرء الحوادث وظهور المشكلات .
٦. مناصحة الرعية ونصحها بالمبادرة على الخير و موالاة المؤمنين والبراءة من اعداء الله الخارجين.
٧. الالتصاق بالمساجد و المصليات و عقد دروسا لتعليم الاصل و تحسين اداء و ادارة منابر الجمعة.
٨. استخدام الوسائل السمعية و البصرية مقروءة ومرئية و وسائل الاتصال الحديثة في إبلاغ الدعوة إالى الله تعالى.
٩. التعاون والتنسيق مع الجهات والهيئات والمنظمات العاملة في حقل العلم والدعوة في السودان وخارجه والمشاركة في المؤتمرات والندوات المحلية والدولية .
١٠. الاهتمام باجهزة إلاعلام والاتصال و المشاركة في برامجها و إسداء النصح للقائمين عليها.